داستان انیمیشن از این قرار است که عصر یخبندان در حال پایان یافتن است و سه قهرمان قسمت پیشین -سید، مانی و دیه گو- که متوجه خطر زیر آب رفتن منطقه زیست خود و در نتیجه نابودی حیوانات شدهاند، تصمیم میگیرند تا قبل از آب شدن یخها خود را به منطقهای امن برسانند. آنها در طول راه با «الی» -یک ماموت ماده- و دو همراه وی «کرش» و «ادی» برخورد میکنند. الی که از کودکی با آن دو بزرگ شده خود را اُپوسوم میپندارد و تلاش مانی برای قانع کردن او فایده چندانی در بر ندارد. چون مانی قصد دارد به همراه او خانوادهای تشکیل داده و نسل ماموتها را از انقراض نجات دهد. آنها در طول راه با حوادث زیادی روبرو میشوند، از جمله خطر خورده شدن توسط دو جانور دریایی که از درون یخهای ذوب شده بیرون آمدهاند، اما سرانجام با رسیدن به مکانی امن و نجات الی توسط مانی همه چیز به خوبی و خوشی تمام میشود. اما اسکرات بیچاره در پایان این قسمت نیز موفق به دستیابی به بلوط محبوباش نمیشود…