بازی Shadow of the Tomb Raider از جایی آغاز میشود که لارا و جونا در حال سفر هستند و به دلیل شدت گرفتن طوفان هلیکوپتر آنها سقوط کرده و لارا همراهانش را گم میکند. اما آنها به چه دلیل و به کجا در حال سفر هستند؟ بازی بای یک فلش بک به این سوال ما پاسخ میدهد. داستان بازی باز هم مربوط به لارا و انجمن Trinity میشود که میخواهند دنیا را نابود کنند. البته این بار این برداشتی است که لارا از صحبتهای دکتر دومینگز داشته و ما نیز این برداشت را باور داریم.