بازی SCARLET NEXUS در آیندهای بسیار دور جریان دارد. هورمون خاصی به نام psionic در مغز انسان پیدا شده است و قدرت ماورایی را به آنها اعطا میکند. این هورمون سبب تغییرات بزرگی در جهان شده است و بشریت دوران جدیدی را تجربه میکند. انسان جهش یافته هم اکنون در برابر حملات موجودات بیگانه مقامتر شده است و روشهایی هم برای به سلطه درآوردن سیارههای دیگر پیدا میکند. افرادی که این هورمونها را دارا هستند، تبدیل به موجودات شروری شده و زندگی انسانها را به سمت نابودی میکشانند. شما تنها امید بشریت برای مقابله با چنین موجوداتی هستید.