اتفاقات فیلم در سال ۲۰۲۹ رخ میدهد زمانی که قدرت شفا بخشی ولورین بشدت کاهش یافته و پروفسور چارلز اگزاویر بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر جهش یافته هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که جهش یافتههای زیر سن قانونی را دستگیر کرده و سپس آنها را به سلاحهایی مرگبار تبدیل کند.
لوگان (هیوجکمن) در ژاپن به سر می برد و در آنجا با سامورایی ها درگیر می شود و نبردی حماسی برای او رقم می خورد که زندگی او را برای همیشه تحت تاثیر قرار میدهد…