مردان ایکس، ولوورین را به گذشته می فرستند تا از اتفاقی که منجر به نابودی انسان ها و جهش یافتگان در آینده می شود، جلوگیری کند…

مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.

دو مرد با قدرت‌های خارق العاده به یک آکادمی خصوصی از هم نوعانشان می آیند. در واقع افراد این آکادمی تیمی از ابرقهرمان‌ها هستند که باید با یک تشکیلات تروریستی با قدرت‌های مشابه مقابله کند.