داستان بازی Alpha Protocol از جایی شروع می شود که یک هواپیمای مسافربری به وسیله ی سلاحی فوق پیشرفته منسوب به ایالات متحده هدف قرار می گیرد و تنش شدیدی بین ایالات متحده و سایر کشورها ایجاد می شود. ایالات متحده تیمی را مسئول بررسی این موضوع می کند که Thorton یکی از اعضای این تیم است و کار خود را از خاورمیانه آغاز می کند. بعد از منحرف شدن مأموریتی مهم، Thorton به وسیله ی مافوقانش مورد خیانت قرار می گیرد و دولت ایالات متحده او را تحت تعقیب قرار می دهد. در پاسخ به این مسئله،Thorton علیرغم اینکه Alpha Protocol برای مأموران ارشدتر در نظر گرفته شده است از این پروتکل استفاده می کند و برای کشف توطئه، فعالیت سری و پنهانی خود را آغاز می کند. بازی Alpha Protocol نوآوری جالبی در گیم پلی خود به کار برده و با نهادن قدرت انتخاب و تصمیم بر دوش بازیکن بازی را از یکنواختی بیرون می اورد . بازی خطی نیست و هر تصمیم و انتخاب در شرایط خاص باعث تغییر کردن مسیر و راه بازی می شود به ..