داستان بازی CODE VEIN در دنیایی آخرالزمانی روی می‌دهد که بعد از حادثه‌ای که در ابتدای کار به طور واضح به آن اشاره نمی‌شود، گروهی از انسان‌ها تبدیل به موجوداتی خون‌آشام شده‌اند که در این دنیا با نام Revenant شناخته می‌شوند. محل اصلی روایت داستان شهریست که با نام Vein شناخته می‌شود که به دلیل وجود غباری آزاردهنده در این شهر، تردد حتی برای خون‌آشام‌هایی که جانی ابدی دارند هم سخت است اما برای خاموش کردن عطش خود، مجبور هستند تا به گشتن در شهر مشغول شوند. از طرفی دو منبع اساسی رفع عطش این خون‌آشام‌ها، درختانی که مهره‌های خونی تولید می‌کنند و انسان‌های عادی، رو به نابودی و انقراض هستند. در چنین فضاییست که قهرمان داستان در کنار دختری سپیدپوش به نام Io از خواب برمی‌خیزد، در حالی که از گذشته خود چیزی به یاد ندارد. توانایی قهرمان داستان، در از بین غبار موجود در شهر و قدرت استفاده توانایی‌های دیگر افراد است. مدتی بعد از شروع داستان، قهرمان داستان به گروهی از خون‌آشام‌ها ملحق می‌شود که قصد نجات انسان‌های عادی و حل مشکل از بین رفتن درختان را ..