داستان بازی Half-Life Alyx بین نسخه اول و دوم روایت می‌شود و بازیکنان در نقش کاراکتری به نام الیکس وانس قرار می‌گیرند؛ شخصی که یکی از مؤسسین گروه مقاومت به‌حساب می‌آید. الیکس و سایر اعضای مقاومت در این بازی با یک سازمان به نام Citadel مبارزه می‌کنند. یکی از ویژگی‌های گیم‌پلی بازی، تلپورت کردن است. بازیکنان به‌واسطه‌ی آیتم مخصوصی که دارند، می‌توانند بین سنگرهای محیط تلپورت کنند و موقعیت خود را برای نابودی دشمنان تغییر دهند. همچنین از این ویژگی‌ می‌توان برای مخفی‌کاری هم استفاده کرد. ولو سعی کرده به‌واسطه‌ی ویژگی نقل مکان، از المان‌های اشاره و کلیک در بازی خود استفاده کند. یکی از مشخصه‌های مجموعه Half-Life، هیولاها هستند که در نسخه Alyx هم شاهد آن‌ها هستیم و جدا از انسان‌ها، باید هیولاها را هم از بین ببرید.