بازی Shuriken and Aliens دنیایی را نشان می دهد که بیگانگان کنترل همه چیز را در اختیار گرفته اند. یک نینجای تنها با شمشیرش ایستاده است تا از بشریت در برابر این بیگانه های عجیب و غریب دفاع کند. وظیفه شما این است که حرکت کرده و دشمنان خود را از سایه بیرون بکشید. آن ها را گرفتار کرده و بدون اینکه متوجه شوند، نابودشان کنید. انتخاب با شماست؛ می‌ توانید با خشونت عمل کرده و همه‌ی آن‌ ها را نابود کنید، یا اینکه به صورت مخفی کرده این نیروهای بیگانه را دستگیر کرده و در زندان محبوس کنید. مخفی کاری در بازی نقش پررنگی دارد و ارتش بیگانه هیچ ایده ای برای دفاع در برابر شما نخواهد داشت. با این روش می توانید تمدن بشری را حفظ کرده و در آینده ویرانه های ایجاد شده را با هزینه کمتری برپا کنید. با بازماندگان به جلو پیش بروید و پایگاه مخفی این بیگانه ها را کشف کنید. فراموش نکنید که شما یک رزمنده هستید و باید در موقع مناسب حمله کنید.