داستان درباره ۴ لاکپشت جهشیافته انسانگون (به نامهای مایکلآنجلو، لئوناردو، دوناتلو و رافائل) است که نینجوتسو را از یک موش (استاد اسپلینتر) که مانند خودشان جهشیافته و انسانگون است میآموزند. آنها در فاضلاب نیویورک زندگی میکنند و به مبارزه دشمنان خود میروند. قابل ذکر است این مجموعه در سال ۱۹۸۴ در یک کتاب کمیک استریپ نوشته کوین ایستمن و پیتر لایرد آفریده شد و این پویانمایی نیز بر پایه همان کتاب میباشد. در این قسمت لاکپشتهای نینجا تلاش میکنند جهان را از چنگ اهریمنی که قصد نابودی دنیا را دارد نجات دهند.