فیلم داستان سفینه فضایی «پیمان» را دنبال می‌کند که مسافران آن در حال سفر به سیاره‌ای ناشناخته و خالی از سکنه هستند. اعضای این سفینه به زودی متوجه می‌شوند که موضوع دوم در مورد سیاره صدق نمی‌کند و آنها تنها نیستند…

مردان ایکس، ولوورین را به گذشته می فرستند تا از اتفاقی که منجر به نابودی انسان ها و جهش یافتگان در آینده می شود، جلوگیری کند…

قبل از اینکه «چارلز ژاویر» (جیمز مک‌آووی) و «اریک لنشر» (مایکل فسبندر) به نام‌های پروفسور ایکس و مغناطیس مشهور شوند، دو مرد جوان بودند که به قدرت‌های بخصوصشان پی می بردند. قبل از اینکه به دشمنان قسم خورده تبدیل شوند، آن‌ها بهترین دوستان یکدیگر بودند و به همراه دیگر جهش یافتگان در مقابل بزرگترین تهدید جهان صف آرایی کردند. و در همان زمان بود که اولین اختلافات در بین آن دو شکل گرفت…