داستان انیمیشن درباره سوسوکه (به انگلیسی: Sosuke) پسری ۵ ساله است که پدرش دریانوردی است که اغلب ماههای سال در ماموریتهای آبی به سر میبرد. او به همراه مادرش لیزا (به انگلیسی: Lisa) روی یک صخره در نزدیکی دریا زندگی میکند. یک روز سوسوکه در کنار ساحل، یک ماهی قرمز زیبا را پیدا میکند و نام او را پونیو میگذارد. او کمک میکند تا پونیو را از خطری که پیش رو دارد، نجات دهد و این ماهی را همراه خودش به منزل میبرد. ولی…