بازی Quake II RTX از جایی دنبال می‌شود که شما روی سیاره بیگانگان فرود آمده‌اید و متوجه می‌شوید که صدها نفر از گروه شما ناپدید شده و تنها تعداد کمی از آن‌ها باقی مانده‌اند. اکنون باید از تاسیسات جنگی بسیار مدرن بیگانگان عبور کرده و نیروهای خود را در آن‌جا مستقر کنید. باید نیروهای دفاعی بیگانگان را نابود کرده و کم کم ماشین‌های نبرد دشمن را هم غیرفعال کنید. شما در مرز رسیدن به پیروزی هستید و می‌توانید سرنوشت کل بشریت را تغییر دهید. باید گوشه گوشه استحکامات دشمن را نابود کرده و سعی در استفاده از ماشین آلات آن‌ها به نفع خود باشید.