اتفاقات فیلم در سال ۲۰۲۹ رخ می‌دهد زمانی که قدرت شفا بخشی ولورین بشدت کاهش یافته و پروفسور چارلز اگزاویر بسیار ضعیف شده است. با این حال، این دو به دنبال نجات یک دختر جهش یافته هستند. دولت در یک عملیات مخفیانه در نظر دارد که جهش یافته‌های زیر سن قانونی را دستگیر کرده و سپس آن‌ها را به سلاح‌هایی مرگبار تبدیل کند.

یک دارو برای از بین بردن ژن ایکس ایجاد شده است. در میان انسان‌های جهش یافته دو گروه بوجود می آیند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آن‌ها قرار دارد.

مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.

دو مرد با قدرت‌های خارق العاده به یک آکادمی خصوصی از هم نوعانشان می آیند. در واقع افراد این آکادمی تیمی از ابرقهرمان‌ها هستند که باید با یک تشکیلات تروریستی با قدرت‌های مشابه مقابله کند.