فیلم انیمیشنی بتمن نینجا تعداد بسیاری از شخصیت‌های آشنای دنیای کمیک‌های بتمن را گرد یکدیگر جمع کرده است. شخصیت‌هایی مانند جوکر ، رابین و هارلی کوئین که این شخصیت‌ها همگی در اتفاقی ناگهانی به ژاپن در عصر قرون وسطی منتقل می‌شوند. در این بین بتمن باید راهی پیدا کند تا جلوی جوکر را بگیرد. او قصد دارد تا آینده‌ی این کشور و تاریخ آن را برای همیشه عوض کند و…