داستان بازی Mighty No. 9 در سال ۲۰۹۹ شروع می شود. جهان در دوره ای قرار گرفته که روبات ها همه گیر شده اند و نه تنها از آنها برای کار، بلکه برای سرگرمی نیز استفاده می شود. این سرگرمی از این قرار است که قدرتمند ترین روبات ها در یک مکان بسیار پرطرفدار با نام Battle Colosseum و جلوی چشمان انسانها با هم درگیر می شوند. یک گروه خاص از روبات ها با نام Mighty Numbers که توسط Dr.White ساخته شده اند، همواره در این مسابقات جزو بهترین ها قرار می گیرند که قهرمان اصلی بازی یعنی Beck نیز عضوی از آنهاست. Beck با این که توانایی Dash دارد ولی به دلیل این که (همانند Megaman X) از خصوصیات انسانی بهره مند است، تنها روباتی است که در حین نبرد می ترسد و چون توانایی هایش به حس هایش بستگی دارد، در طول نبرد بارها از کار افتاده و کار را برای سایر گروه سخت تر می کند. در جریان یکی از مسابقات، انتشار یک ویروس کامپیوتری (چیزی مشابه ویروس Maverick) توسط یک محقق با نام Dr.Blackwell باعث می ..