داستان فیلم پیدایش اولین دایناسورها را بعد از عصر یخبندان روایت می کند … با توجه به اینکه اولین جانوران در عصر یخبندان دایناسور ها نبودنند حضور دایناسور ها در قسمت سوم این انیمیشن مسئله ی عجیبی تلقی نمی شود زیرا دایناسور ها زیر لایه های ضخیم یخ، یک مکان گرم برای زندگی خود داشته اند و با آب شدن این یخ ها(که در قسمت دوم شاهد آن بودیم) راهی برای ورود مندی، دیگو، سید، الی و … به دنیای زیر لایه های یخ گشوده می شود و آنها را درگیر ماجرای جدیدی می کند. مندی و الی قرار است بزودی صاحب بچه شوند. دیگو نیز دچار تغییری در بدن خود شده است و حالا که مندی صاحب یک خانواده شده است میخواهد او را ترک کند. سید فهمیده است که گروه بزودی متلاشی میشود میخواهد برای خودش گروهی مستقل تشکیل دهد. او سه تخم دایناسور پیدا میکند ولی مادر بچهها آنها را به همراه سید میدزدد. حالا که سید گمشده است مندی و الی با دیگو که برگشته است به اعماق زمین میروند و درمییابند که هنوز دوران دایناسورها تمام نشده است. آنها به رهبری یک راسوی ماجراجو به نام باک بدنبال سید میروند و … فیلم همچنین ادامه کار اسکرت سنجاب بدشانس و بلوط و یک شخصیت جدید دیگر (اسکرتی) را دنبال می کند.