داستان بازی Beyond Enemy Lines 2 در سال ۲۰۰۸ جریان دارد و مربوط به زمانی است که خودمختاران در جنوب قفقاز با آبخارا تماس گرفته اند و یک شورش را به راه انداخته اند. پیام های رادویی درباره فعالیت های سنگین نظامی آنان دریافت می شود و ما هنوز نمی دانیم که چگونه باید در برابر آنها ایستادگی کنیم. این بازی نیروهای اشغالگر را به ما نشان می دهد که کاملا ناشناخته هستند و تمامی ماهواره ها هم ناگهان آفلاین شده اند که قادر به ارائه اطلاعات بیشتری نیستند. شما در این میان باید ماموریت سری را شروع کنید و با نفوذ به پایگاه این اشغالگران، حرکت خصمانه آنها را گزارش دهید و به خطوط دشمن وارد شوید. در حال حاضر باید باعث و بانی این خرابکاری ها را پیدا کنید و دشمن را درگیر ماموریت های گسترده خود کنید. شما باید این داستان غیرخطی را دنبال کنید و با تصمیمات تاکتیکی خود، به شکل غیرمستقیم نابودی این اشغالگران را رقم بزنید. شما در هر موقیت به ابزارهای مختلف نیاز دارید و باید ۲۰ سلاح مختلف را مورداستفاده قرار دهید. ..