داستان و وقایع بازی South Park The Fractured But Whole دقیقا بعد از پایان نسخه اول بازی یعنی South Park: The Stick of Truth دنبال می شود. کودکان South Park بعد از وقایع نسخه اول، تصمیم می گیرند بازی و ماجراجویی جدیدی را آغاز کنند که باز هم در شهر تخیلی South Park واقع در ایالت کلرادو Rocky Mountains، دنبال می شود و آن ها باز هم قصد دارند تا در نقش سوپرهیروها نقش آفرینی کنند. در نهایت و طی وقایعی دو گروه در بازی مانند قبل ایجاد می شود و کسانی که به کارتمن می پیوندند نام گروه آنها Coon and Friends است و در مقابل گروه دشمنان با نام Freedom Pals قرار دارند که جنگ بین این دو گروه در می گیرد. شما باز هم در بازی کنترل بچه جدید را بر عهده می گیرید ولی این بار می توانید انتخاب کنید که وی دختر یا پسر باشد.