داستان بازی The Wonderful 101 Remastered از جایی شروع میشود که یک اتوبوس مدرسه با تمام دانش آموزان داخل آن، مورد هجوم یک بیگانه موسوم با گاتجورک قرار میگیرد. آقای Wedgewood به ابرقهرمان Wonder-Red تبدیل شده و با کمک ابرقهرمانان دیگر سعی میکند که بیگانگانی با داشتن قدرت Unitr Morph را شکست دهد. با این حال، دانش آموزشی به نام لوکا، از این وضعیت خسته شده و نفرت خودش را نسبت به تمام ابرقهرمانان و بیگانگان نشان میدهد. قهرمانان داستان برنامهریزی دفاعی خود را صورت داده و سعی میکنند که توسط یک سپر از زمین دفاع کنند. این سپر از ۵ راکتور فوقالعاده قدرتمند نیرو میگیرد و بههمین دلیل محافظت از آنها تبدیل به ماموریتی بزرگ میشود. آنها باید به سرتاسر جهان حرکت کرده و از این راکتورها محافظت کنند. برای ایمن بودن راکتها از توپ مداری به نام Comet Shirogane استفاده میکنند و رهبری تیم را هم واندر رد بهعهده میگیرد.