داستان بازی Prodigy Tactics در دنیای Thasys روایت می شود. جایی که اکثر موجودات آن به لطف انرژی جادویی به نام “Mana” زنده هستند. اما متاسفانه این انرژی در حال حاضر به ندرت پیدا می شود و همین امر باعث شده تا جنگ های ویرانگری در سرتاسر این سرزمین جادویی اتفاق بیافتد. هرکسی می خواهد آخرین بازمانده های Mana را از آن خود کند تا زنده بماند. اما در جایی پنهان از این سرزمین، موجودات افسانه ای هستند که منشاء اصلی Mana حساب می شوند و آن را در وجود خود دارند. تنها برخی از اشخاص انتخاب شده می توانند این موجودات را بیدار کنند و آن ها را راهنمایی کرده تا Thasys را نجات دهند.