بازی Ground Zeroes که در ابتدا قرار بود، به همراه The Phantom Pain در قالب یک بازی منتشر شود، با نظر کوجیما به یک بازی مجزا تبدیل شد که پیش درآمدی بر The Phantom Pain باشد. داستان بازی در سال ۱۹۷۵ میلادی، چند ماه پس از اتفاقات Peace Walker رخ می دهد، در این قسمت نیز شاهد بازگشت Big Boss به عنوان قهرمان اصلی بازی خواهیم بود.داستان بازی در سال ۱۹۷۵ آغاز می شود، جایی که سازمانی با نام اختصاری MSF به سلاح های هسته ای دست یافته است و سایر قدرت های جهان نمی توانند دست روی دست بگذارند و استراحت کنند و به همین دلیل بازرسی این سلاح ها را به پایگاه مادر Mother Base محول می کنند. به هر حال و قبل از بازرسی، اسنیک در می یابد که Paz که برای آخرین بار در نسخه ی Peace Walker دیده شد، زنده است و در یکی از پایگاه نیروی دریایی آمریکا در کوبا نگهداری می شود. Chico تلاش می کند تا او را نجات دهد ولی موفق نمی شود و باعث می گردد تا بار دیگر اسنیک پوتین ..