فیلم ماجرای یک مادر عصبانی را دنبال میکند که هیچ چیز نمی تواند برای بازگرداندن پسر ربوده شده اش، مانع راهش شود…

یک دارو برای از بین بردن ژن ایکس ایجاد شده است. در میان انسان‌های جهش یافته دو گروه بوجود می آیند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آن‌ها قرار دارد.

مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.