داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط “شریدر” در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند…

گروهی از خوکچه‌های هندی از سوی دولت آمریکا تحت عنوان ماموریت جاسوسی خاصی اعزام می‌شوند. آنها باید با یک مدیر شرکت شیطان صفت و سودجو که می‌خواهد با اختراع لوازم‌های خانگی خود جهان را به تصرف درآورد مبارزه جاسوسی کنند.

فیلم ماجرای مردی بنام نیک می باشد که هرکسی او را می شناسد، آرزوی مرگش را دارد، از روسای باند های خلافکار و قاتلان قراردادی گرفته تا پلیس های فاسد. نیک دختری دارد که خیلی وقت پیش از او جدا شده. او خودش را به مبلغ ۱ میلیون دلار بیمه کرده است اما اگر بخواهد بیمه به دخترش تعلق بگیرد، باید حداقل ۲۱ روز زنده بماند…