داستان انیمیشن شکارچیان ترول درباره‌ی گروهی از دوستان می‌باشد که متوجه می‌شوند در زیر شهرشان، دنیایی مخفی و بزرگ وجود دارد که محل زندگی ترول هاست. آنها تصمیم می‌گیرند با ترول ها متحد شوند و در حفظ و نگه‌داری آن مکان زیرزمینی همکاری کنند. اما…